Little Witch Academia is de Japanse versie van Harry Potter! Akko Kagari droomt er al haar hele leven van om heks te worden. Als kind woonde ze een magische show bij van de populaire heks Shiny Chariot. Ze was zo erg onder de indruk van deze toverachtige licht- en vuurwerkshow dat de droom haar niet meer heeft losgelaten. Als Chariot op raadselachtige wijze verdwijnt en niemand meer iets van haar verneemt, besluit Akko haar op te sporen. Om in de voetsporen van haar idool te treden, meldt Akko zich aan bij Chariots vroegere heksenschool Luna Nova Academy. Maar zonder toverouders is haar talent ver te zoeken… Zal Akko haar droom kunnen verwezenlijken?